بدأ الزلزال صباح اليوم الاول من شهر نوفمبر عام 1755 الذي تزامن مع عيد القديسين الكاثوليك. وأوردت التقارير المعاصرة ان الزلزال استمر ما بين ثلاث وست دقائق, وتسبب في شق ضخم عرضه خمسة امتار ليمزق, قلب المدينة البرتغالية.

الناجون هرعوا الى المكان المفتوح لرصيف الميناء بحثا عن النجاة, وشاهدوا المياه وهي تنحصر وتكشف عن قاع البحر الذي افترش بشحن ضائعة وحطام سفن قديمة. وبعد عشرات الدقائق من الزلزال غمر "تسونامي" أي المد البحري الميناء وقلب المدينة نحو نهر تاجو وفي المناطق التي لم يؤثر فيها المد البحري اندلعت النيران بسرعة واستمرت الحرائق على مدار خمسة ايام.
ولم تكن لشبونة هي المدينة الوحيدة التي تأثرت بالكارثة في البرتغال فقد شعر سكان أوروبا كلها حتى فنلندا وشمال افريقيا بالزلزال. وكان ارتفاع مياه البحر قد وصل الى 20 مترا واكتسح سواحل شمال افريقيا وتأثرت بلاد المحيط الاطلنطي وسواحل انكلترا.

ومن بين تعداد مدينة لشبونة الذي كان وقتها 275 الف نسمة قتل 100 ألف بينما توفي عشرة آلاف آخرين عبر البحر المتوسط وخاصة في المغرب, ودمرت 85 في المئة من مدينة لشبونة بما في ذلك قصورها الشهيرة ومكتباتها بالإضافة إلى أروع مباني القرن السادس عشر البرتغالية الشهيرة, في حين أن عدة مبان عانت أكثرفيما بعد من جراء الزلزال التهمتها النيران, وكان من بينها دار الاوبرا التي كانت قد افتتحت قبلها بستة أشهر فقط حيث احترقت بكاملها. وايضا القصر الملكي الذي كان على ضفاف نهر تاجو ودمرت كبرى المكتبات الملكية, وضاعت المئات من الاعمال الفنية النادرة, كما اختفى الأرشيف الملكي الثمين مع سجلات تاريخية هامة خاصة برحلات الرحالة البرتغالى الشهير فاسكو دي جاما ورحالة آخرين سابقين. كما دمر الزلزال أكبر كنائس لشبونة والمستشفى الملكي الذي التهمته النيران بمئات المرضى.

الحيوانات أدركت الخطر المحدق بها وهربت نحو المرتفعات قبل ان يصل المد البحري, واعتبر زلزال لشبونة اول حالة موثقة لوقوع تلك الظاهرة في أوروبا بسبب ضربة حظ, كانت العائلة الملكية قد نجت بأعجوبة من الكارثة, وكان الملك جوزيف الاول وبقية اعضاء البلاط الملكي قد تركوا القصر بعد حضور قداس الفجر تلبية لرغبة إحدى بنات الملك بقضاء العطلة بعيدا عن لشبونة.
وبعد الكارثة رفض الملك جوزيف أن يعود الى القصر, وقرر أن يعيش وحاشيته في معسكرضخم مكون من خيام وسرادق على هضاب إيفورا ثم في ضواحي مدينة لشبونة خوف الملك من الأماكن المغلقة لم يشف منه أبدا, ولم يحدث إلا بعد وفاته أن قامت ابنته الملكة ماريا الاولى ببناء قصر ملكي في إيفورا وما زال قائما حتى اليوم في موقع المعسكر الذي كونه والدها من الخيام.

نجا أيضا رئيس الوزراء البرتغالى سباستياو دو ميلو من الموت وقال كلمته الشهيرة "دعونا ندفن الأموات ونطعم الاحياء الآن ". وهذه العبارة العملية هي التي ميزت ما قام به عقب الكارثة حيث قام فورا بتنظيم وحدات الاغاثة واعادة البناء وأرسلت فرق الإطفاء لتخمد المدينة المشتعلة وأرسل فرقا لإزالة آلاف الجثث, وكان الوقت غير متاح للتخلص من الجثث قبل ان تنتشر الأوبئة, وأمر بدفن الجثث في قاع البحر, ومن أجل أن يقلل الفوضى في المدينة خاصة عمليات السلب أقام المشانق في اماكن مرتفعة عبر المدينة المنهارة وأمر بإعدام 34 رجلا حاولوا السرقة. وحرك الجيش البرتغالى ليحوط المدينة لمنع سكانها من الهرب حتى يشاركوا في تخليصها من الحطام كما أمر بدراسة علمية مفصلة لأسباب نشوء الزلزال وتوابعه, ويعتبر أول من قدم وصفا علمياً مفصلا عن أسباب الزلازل وتوابعها ووفق آراء بعض المؤرخين اول من اسس علم الزلازل الحديث.

كان لزلازل لشبونة تأثير في الفلاسفة والمفكرين في ذلك الوقت وربما تكون إحدى العلامات المميزة لعصر التنوير الأوروبي وقد عبر الكثير من الفلاسفة والكتاب عن الزلزال في كتاباتهم ومن أبرزهم فولتير الذي وضع قصيدة بعنوان "كارثة لشبونة". حيث اعتبره المحرقة الكارثة التي كان لها تأثير على الثقافة والفلسفة الاوروبية ومن ابرز الذين تأثروا أيضاً الفيلسوف الالماني عمانوئيل كانت الذي نشر ثلاثة نصوص عن الكارثة ناقش فيها الدروس الاخلاقية والفلسفية المستفادة من ذلك الدرس الطبيعي. كما ان الكارثة كانت إيذانا بولادة علم الزلازل.